Das Schicksal von „Stokrotka", einem jungen Mädchen, das mit der Zeit zu einer erfahrenen Verbindungsfrau der AK wird, verflechtet sich mit dem Drama des kämpfenden Warschaus. Inmitten von Ruinen, Tod und ständiger Angst entsteht eine Liebe – zerbrechlich, ungewiss, jeden Tag aufs Neue auf die Probe gestellt.
Während des Warschauer Aufstands kämpft sich die Einheit von Hauptmann „Stefan" durch die Kanäle aus der Altstadt. In Dunkelheit, Enge und Lebensgefahr kann jeder Schritt der letzte sein. Der Kommandant weiß, dass von seinen Entscheidungen das Leben seiner Soldaten und der Frau abhängt, die er liebt. Der Aufstand ist nicht nur ein Kampf um die Stadt, sondern auch um Menschlichkeit, Hoffnung und Liebe. Als alles zerfällt, müssen die Helden Entscheidungen treffen, die sie für immer verändern werden.
„Mój kapitan" ist eine bewegende Geschichte über Mut, Verlust, die Kraft zu überleben und darüber, dass man selbst in den dunkelsten Augenblicken einen Sinn im Leben finden kann.